石正丽新研究:需持续监控蝙蝠 中华菊头蝠是SARS病毒的宿主

　　SARSr-CoV刺突基因通过正向选择与中华菊头蝠ACE2共同进化

　　为了测试作用于SARS病毒刺突蛋白和中华菊头蝠ACE2基因可能存在的选择压力，他们使用PAML软件包的编码ml程序来分析单个密码子的非同义突变与同义突变的比值(dN/dS比值)。通过分析了完整的编码SARS相关冠状病毒刺突蛋白的基因序列，并比对了来自中华菊头蝠样本的9个SARS相关冠状病毒刺突蛋白的基因序列。

　　研究发现模型允许密码子在正向选择(M2a和M8)下进化。在模型M8(初始种子值ω(dN / dS) = 1.6,密码子频率= F3X4), 20个密码子(p > 0.95)以dN / dS > 1的速率正向选择，根据晶体结构显示，298个密码子中有17个被发现位于RBD区域，面向受体ACE2。此外，在SARS-CoV刺突中出现的5个密码子(442、472、479、480和487)，此前已被确定对人类ACE2的结合亲和力有显著影响。

　　接下来，他们通过比对本研究获得的以及从GenBank下载的25个中华菊头蝠ACE2基因序列，对中华菊头蝠ACE2基因进行分析。他们发现在模型M8中，12个密码子(2.3%,p > 0.95)以dN / dS > 1的速率进行正向选择，其中8个密码子(31、24、27、34、35、38、41、42)对应于人类ACE2的残留物，这些密码子直接参与人类SARS病毒刺突蛋白的接触。

　　他们还分析了中菊头蝠(R. affinis)的ACE2基因，有报道称该基因偶尔也能结合SARS相关冠状病毒。利用本研究获得的23个来自中菊头蝠的ACE2基因序列比对，发现中菊头蝠ACE2在整个编码区不同个体间的保守性比中华菊头蝠ACE2更强，并且没有观察到明显的正向选择位点(数据未显示)。

　　此外，通过查询单核苷酸多态性(SNP)数据库，他们发现人类ACE2基因中的SNPs在整个编码区域随机产生。虽然在人类ACE2中发现了两个具有非同义突变(T27A和E35K)的SNP位点，但它们在全球人群中都显示出罕见的频率(频率分别为0.00001和0.00002)。这些结果表明，在蝙蝠SARS相关冠状病毒刺突蛋白与中华菊头蝠ACE2的交界面发生了正向选择。